stty -aで表示される機能キー一覧のintrquitってどう違うの?

どちらも実行中のプログラムを強制終了します。

機能キー概要
intr[ctrl]+[c]プロセスを強制終了する
quit[ctrl]+[\]
(または
バックスラッシュ)
プロセスを強制終了し、coreファイルを作成する。

core(コア)ファイルはデバッガを使ってプロセスの状態を解析するために使われるが 専門知識がないと解析は非常に難しいため、通常は使わないことが多い。また、ファイルサイズが大きいため できてしまったら、そのまま消すことが多い。
このような理由から、プログラムの強制終了には、[ctrl]+[c]が使われることが一般的です。

UNIX Handy Manual:stty

 

stty -aの機能キーeraseに割り当てられている^?ってどういう意味?

キーボードの[del]または[delete]キーのことです。[ctrl]キーを押しながら[?]という意味ではありません。

UNIX Handy Manual:stty

 

スタートアップスクリプトで機能キーを設定するとき、^の文字はそのまま入れていいの?

stty erase ^H

というように、^の文字を入れたい場合、そのまま^の文字を入力しても、解釈されることがありますが、 通常は、コントロールコードの^を入力します。viの場合は、[ctrl]+[v]と入力してから、[ctrl]+[h]と 入力したい文字を入れます。

UNIX Handy Manual:stty